Чем грозят проверки повторного использования льгот ИНТЦ и «Сколково»?

Налоговые органы начали проверять компании, которые второй раз воспользовались налоговыми льготами для резидентов ИНТЦ и ИЦ «Сколково» согласно разъяснениям минфина России.

Новый подход ведомства вводит дополнительные ограничения по применению льгот, которые ранее не были установлены в Налоговом кодексе. Это может привести к спорам между налогоплательщиками и инспекциями, а также потребует дополнительных ресурсов на их разрешение, однако серьезного пополнения бюджета, скорее всего, не будет.

История вопроса

Получение статуса резидента инновационного центра «Сколково» или инновационных научно-технологических центров дает организациям право на налоговые льготы. Это является одним из ключевых стимулов к участию в этих проектах для компаний, занимающихся инновационной деятельностью.

Участники ИЦ «Сколково» или ИНТЦ вправе воспользоваться налоговыми льготами по налогу на прибыль, НДС, страховым взносам, в некоторых случаях – по налогу на имущество и ввозным таможенным платежам. По налогу на прибыль и НДС они освобождаются от обязанностей плательщиков: не представляют декларации, а только уведомляют ФНС об использовании льгот.

Возможность воспользоваться указанными преимуществами прекращается по истечении 10 лет со дня получения статуса участника проекта или при достижении годовой выручки в 1 млрд. руб. и достижении прибыли с начала года в 300 млн. руб. либо при утрате этого статуса.

Первые участники проекта ИЦ «Сколково» появились в декабре 2010 года и начали применять льготы. Первым ИНТЦ в России стал ИНТЦ МГУ «Воробьевы горы», который с 2021 года начал заполняться резидентами. Сейчас же существует более 10 ИНТЦ в разных регионах России, и большинство получают предусмотренные налоговые преимущества.

Многие компании, исчерпав право на эту меру поддержки в ИЦ «Сколково», начиная новый инновационный проект, перешли в ИНТЦ и повторно использовали 10-летний период, рассчитывая его с момента получения статуса участника нового проекта.

Суть проблемы

Положениями статей 145.1, 246.1, пункта 9 статьи 427 НК РФ предусмотрено, что 10-летний срок исчисляется с момента получения статуса резидента. Запрет на применение льготы предусмотрен только в случае отказа налогоплательщика от нее посредством специального уведомления. Ограничения на повторное использование 10-летнего периода в Налоговом кодексе РФ не установлены.

В конце 2024 и в 2025 году минфин России выпустил ряд писем, в которых указал, что применение участником проекта льгот второй раз положениями Налогового кодекса не предусмотрено. Разъяснения коснулись налога на прибыль, НДС и страховых взносов (письма минфина России от 13.09.2024 № 03-00-07/88070, от 12.03.2025 № 03-03-06/1/24203, от 28.07.2025 № 03-07-07/72830, от 31.07.2025 № 03-00-08/74138, от 01.09.2025 № 03-03-06/1/84993, от 30.10.2025 № 03-03-06/1/105356).

Позиция минфина вводит новые ограничения для резидентов, прямо не предусмотренные положениями Налогового кодекса России. Они оказались сюрпризом для налогоплательщиков, рассчитывавших на сохранение ранее действовавшего подхода к предоставлению мер поддержки.

Налоговые инспекции начали руководствоваться позицией минфина России

Правила применения налоговых преимуществ резидентами ИЦ «Сколково» и ИНТЦ, согласно новым разъяснениям, включают следующие пункты:

– льгота может применяться не более 10 лет в совокупности;

– повторное использование за пределами 10 лет запрещено, даже при получении нового статуса резидента для другого проекта;

– при переходе из ИЦ «Сколково» в ИНТЦ (или наоборот), либо при смене ИНТЦ применение льготы возможно, но в совокупности не более 10 лет, и, конечно, при условии, что ранее организация от нее не отказалась в порядке, установленном НК РФ.

Новые подходы минфина России и органов ФНС создали ряд проблем для резидентов ИНТЦ:

– никто не предупредил вовремя: порядок освобождения по налогу на прибыль и НДС уведомительный, декларации не подаются, камеральные проверки формально не проводились, а значит, инспекции вправе проверить 3 предшествующих года, доначислить налоги и применить санкции;

– отсутствие ранее представленных деклараций может привести к блокировке банковских счетов при выявлении нарушения и парализовать работу инновационных компаний;

– для выполнения требований ФНС необходимо полное восстановление учета: декларации не подавались, соответственно, НДС не выставлялся покупателям, а «входящий» НДС учитывался в себестоимости продукции;

– с учетом разъяснений минфина оспорить претензии получится только в суде после блокировки счета или доначисления налогов.

Что делать и как защищаться

Резиденты ИНТЦ и ИЦ «Сколково», повторно применяющие льготу, могут пойти несколькими путями:

1. Ждать мер со стороны инспекции и спорить.

Первое, что должна сделать инспекция, – заблокировать банковский счет за неподачу налоговой декларации.

Действия организации: 1) Подача жалобы в УФНС или ФНС России на принятие незаконного решения и незаконные действия по блокировке счета. 2) Одновременное обращение в арбитражный суд за предварительными обеспечительными мерами для снятия блокировки с банковского счета.

Резиденты ИНТЦ – это, как правило, организации со значительным штатом и бюджетными обязательствами. Кроме того, резидентство в ИНТЦ не «бесплатное», участники несут ряд обязательств по реализации проекта, его коммерциализации, наращиванию штата, развитию ИНТЦ. Блокировка счета ИНТЦ за неподачу налоговой декларации влечет несоразмерный вред для бизнеса. Все это является весомым доводом для разблокировки счета до конца разрешения спора.

Инспекция может пойти по пути доначисления налогов и наложения штрафов за непредставление деклараций в рамках камеральной или выездной налоговой проверки.

Действия организации: 1) Довести до проверяющих, что налоговые доначисления будут меньше, чем они ожидают. 2) Вступать в спор путем обжалования решения инспекции сначала в досудебном (путем подачи апелляционной жалобы), а потом в судебном порядке.

Инновационная деятельность, особенно в первые годы, не приносит большой прибыли или является убыточной. После восстановления учета НДС может оказаться не к уплате, а к возмещению из бюджета. Кроме того, компании вправе применить другие предусмотренные меры поддержки, например льготные тарифы по страховым взносам для МСП, освобождение от уплаты НДС для отдельных видов деятельности, ИТ-льготы за 2023-2025 годы, и другие, на которые могла бы претендовать организация, если бы не имела статуса резидента ИНТЦ. Все это может сделать налоговую проверку нецелесообразной для бюджета и доказать отсутствие вины налогоплательщика.

2. «Сдаться» и не спорить

Организация вправе «смириться» и подать отчетность за текущий и прошлые годы: 1) Восстановить учет. 2) Сформировать налоговую отчетность с учетом всех расходов, вычетов и льгот за периоды в пределах 3 предшествующих лет.

По итогам формирования отчетности может оказаться, что налоговые обязательства невысокие либо бюджет не будет пополнен вовсе. При этом и налогоплательщик, и налоговые органы должны будут проделать огромную работу по подготовке и проверке отчетности.

Разъяснения минфина и ФНС, вносящие новые условия налогообложения, прямо не предусмотренные в законе, уже не первый раз становятся проблемой для налогоплательщиков. Самое неприятное в этом, что толкование закона применяется ретроспективно. Налогоплательщикам остается адаптироваться или вступать в спор.